Με την ταπείνωσή του [ο Άγιος Αμφιλόχιος Μακρής] κέρδισε την εμπιστοσύνη του Αγίου Νεκταρίου. Έκτοτε τον επισκεπτόταν συχνά. Όταν ο Γέροντας Αμφιλόχιος έγινε Διάκος, συλλειτούργησαν πολλές φορές.
Οι ψυχές τους ενώθηκαν ακόμη περισσότερο κατά την τελευταία λειτουργία πού έκαναν ένα χρόνο πριν από την κοίμηση του Αγίου Νεκταρίου. Η πνευματική ένωσή τους έγινε εντονότερη, όταν ο Άγιος του ανέθεσε να μεταλάβει μία άρρωστη μοναχή στο κελλί της.
Άλλη φορά, εξαιτίας του συνωστισμού στον μικρό ξενώνα της Μονής, ο Άγιος τον έβαλε να κοιμηθεί στο κελλί του μέσα στον περίβολο του Μοναστηριού.
Η πνευματική αυτή φιλία και αγάπη συνεχίστηκε και μετά την κοίμηση του Αγίου Νεκταρίου.
Το 1958 εξαιτίας του διαβήτη δημιουργήθηκε ένα επικίνδυνο απόστημα στο πόδι του Γέροντα. Ο γιατρός και οι μοναχές βρίσκονταν σε ανησυχία για την εξέλιξη του αποστήματος, όταν άκουσαν ατάραχο τον Γέροντα να λέει στην διακονήτριά του:
– Άναψε θυμιατό, αδελφή Αγάθη, και ανέβασε το λείψανον του Αγίου.
Σταύρωσε το πόδι του και είπε:
– Εσύ, Άγιέ μου Νεκτάριε, που θεραπεύεις τον κόσμον, θεράπευσε και εμέ τον φίλον σου.
Το επόμενο πρωί ο γιατρός που ήρθε να χειρουργήσει το απόστημα διαπίστωσε ότι είχε υποχωρήσει εντελώς.
Με ευγνωμοσύνη ο Γέροντας αφιέρωσε μία Εκκλησία στο όνομα του Αγίου Νεκταρίου η οποία πανηγυρίζει κάθε χρόνο τη μνήμη του θαυματουργού Αγίου.
